本实用新型提供了一种燃料电池去离子器性能测试系统，包括温控水箱、电导率测试仪、循环水泵、比例阀、离子过滤器、NaCl溶液加注单元、数据采集及控制单元、电控三通阀，温控水箱通过循环管路与循环水泵连通，比例阀、离子过滤器、电控三通阀设置在循环管路上，电导率测试仪与温控水箱连接，NaCl溶液加注单元与温控水箱连接，数据采集与控制单元分别与电导率测试仪、比例阀、NaCl溶液加注单元、电控三通阀电性连接，电控三通阀的一个出液端连接离子过滤器，另一个出液端连接与离子过滤器并联的循环支路。本专利测试系统为一个封闭的环境，避免了外界杂质对电导率的影响，提升了交换能力测试的精度，并且能够同时兼顾对离子过滤器的流阻性能进行测试。